Basicamente, pequenas moléculas de RNA são sintetizadas nas células, a partir do seu genoma, de modo a produzir estruturas similares a grampos, formando moléculas de RNA dupla-fita que controlam a expressão de genes celulares, seja a partir da degradação do RNA mensageiro, seja a partir de um bloqueio da síntese proteica. Esse sistema interfere na expressão gênica das células, e por isso recebeu o nome de RNA interferência (RNAi). A descoberta do mecanismo de RNAi mudou completamente a forma como entendemos o metabolismo de controle genético na célula humana, e também propiciou uma ferramenta poderosa para inibir genes específicos e assim de terminar sua função na célula. Isso pode ser obtido pela introdução de uma pequena molécula duplex de RNA (19 a 30 pares de base) diretamente nas células em cultura, visando a o silenciamento específico do gene-alvo a ser estudado. Essas moléculas, conhecidas como si RNA (small interfering RNA), devem ser complementares à sequência do gene-alvo e podem reduzir a expressão deste em até 80%. Alternativamente, vetores (em geral derivados de vírus, como adenovírus , retrovírus ou vírus adenoassociados) podem também ser usados par a entregar, no interior das células, genes que expressam uma molécula de RNA palindrômica, que pode gerar uma duplex de RNA na forma de grampo , conhecida como shRNA (do inglês short hairp in RNA). Como o siRNA, o shRNA tem como objetivo o silenciamento do gene-alvo em estudo, apresentando a possibilidade de um silenciamento permanente nas células, no caso de uso d e retrovírus. O mecanismo d e silenciamento gênico por RNAi é ilustrado n a Figura abaixo.
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